Những toilet cũ tại nhà ga này là những toilet bị phàn nàn nhiều nhất trong hệ thống xe lửa ở Melbourne.

Tổ chức Giao thông Công cộng bang Victoria (PTV) cho biết những toilet này được nâng cấp dựa theo ý kiến phản hồi của hành khách trong khuôn khổ dự án nâng cấp nhà ga Flinders Street Station có tổng kinh phí 100 triệu đô la. Số phòng vệ sinh dành cho nam và nữ sẽ được tăng lên để rút ngắn thời gian chờ đợi vào các giờ cao điểm. Tổ chức Giao thông Công cộng bang Victoria nói rằng những toilet mới sẽ sạch hơn và sẽ được đưa vào sử dụng trong ngày thứ Sáu 29/7, trùng với dịp tổ chức các trận túc cầu AFL và các sự kiện Open House Melbourne.

Trong những tháng tới, những toilet ở cuối đường Elizabeth Street của nhà ga Flinders Street Station cũng sẽ được nâng cấp. Người phát ngôn của Tổ chức Giao thông Công cộng bang Victoria, ông Alan Fedda, nói rằng việc nâng cấp này sẽ giúp nhà ga Flinders Street Station lấy lại danh tiếng trước đây. Được biết, mỗi ngày có đến 200,000 hành khách đến nhà ga này.