Tháng 11/1860, việc ông Lincoln đắc cử Tổng thống báo hiệu sự ly khai của 7 bang miền nam và thành lập Liên minh miền Nam. Ngay sau khi ông Lincoln tuyên thệ nhậm chức vào năm 1861, nội chiến bùng nổ. Có thêm 4 bang miền nam gia nhập Liên minh trong khi 4 bang miền nam khác vẫn thuộc chính phủ liên bang miền Bắc. 

Tổng thống Lincoln, dù về mặt cá nhân là người phản đối nô lệ, nhưng vẫn phản ứng khá thận trọng với lời kêu gọi của những người theo chủ nghĩa bãi nô về việc giải phóng toàn bộ nô lệ ở Mỹ sau khi nội chiến bùng nổ.

Khi chiến tranh kéo dài, chính phủ liên bang do đảng Cộng hòa chiếm ưu thế, đã bắt đầu nhận ra những lợi thế chiến lược của giải phóng nô lệ. Theo đó, việc giải phóng nô lệ sẽ làm suy yếu Liên minh miền Nam và làm chính phủ liên bang miền Bắc mạnh hơn, khi mà một phe mất đi nguồn nhân lực, còn một phe lại có thêm nguồn lực lớn. Với 11 bang miền nam ly khai khỏi chính phủ liên bang miền bắc, nên chỉ còn lại vài nghị sĩ ủng hộ ủng hộ chế độ nô lệ.

Năm 1862, Quốc hội Mỹ bãi bỏ các luật lệ về nô lệ bỏ trốn, cấm áp dụng chế độ nô lệ tại lãnh thổ của Mỹ, cho phép Tổng thống Lincoln tuyển các nô lệ đã được tự do vào quân đội. Sau chiến thắng của chính phủ liên bang miền Bắc tại Trận chiến Antietam hồi tháng 9, người đứng đầu Mỹ đưa ra cảnh báo về ý định ban bố Tuyên ngôn giải phóng nô lệ ở tất cả các bang vào ngày đầu của năm mới.

Ngày 1/1/1863, Tổng thống Lincoln chính thức đưa ra Tuyên ngôn giải phóng nô lệ, kêu gọi quân đội liên bang giải phóng toàn bộ nô lệ ở các bang nổi dậy. Có khoảng 3 triệu nô lệ được tuyên bố là được tự do mãi mãi. Bản tuyên ngôn này đã làm biến đổi cuộc nội chiến từ một cuộc chiến chống ly khai sang cuộc chiến vì sự ra đời của tự do. Sự thay đổi này giúp chính phủ liên bang miền Bắc tuyển được 180.000 lính Mỹ gốc Phi và những thủy thủ tự nguyện tham chiến, dẫn tới kết thúc chiến tranh.

Khi Liên minh miền Nam gần bị đánh bại, Tổng thống Lincoln nhận ra rằng Tuyên ngôn giải phóng nô lệ cần có giá trị về mặt hiến pháp khi chiến tranh kết thúc. Do đó, đảng Cộng hòa đã trình Tu chính án thứ 13 lên Quốc hội và tới tháng 4/1864, 2/3 số nghị sĩ ở Thượng viện đã thông qua sửa đổi hiến pháp này. Tuy vậy, tại Hạ viện - nơi có đông đảng viên Dân chủ, sửa đổi này lại không được phê chuẩn. Tới tháng 1/1865, ba tháng trước khi Tướng Robert E.Lee của liên minh miền nam đầu hàng, tu chính án thứ 13 mới được thông qua.

Ngày 2/12/1865, Alabama trở thành bang thứ 27 phê chuẩn Tu chính án 13, đáp ứng điều kiện tất yếu là 3/4 số bang thông qua sửa đổi để nó trở thành luật. Alabama, trước đây là bang thuộc liên minh phương Nam, buộc phải phê chuẩn sửa đổi mới được tái gia nhập liên minh miền Bắc. Tới 18/12/1865, Tu chính án thứ 13 chính thức được phê chuẩn, chế độ nô lệ được bãi bỏ.