Thổ Nhĩ Kỳ đã triệu hồi Đại sứ của mình tại Israel về nước ngay lập tức sau khi xảy ra vụ tấn công, hủy bỏ 3 cuộc tập trận chung và kêu gọi Hội đồng Bảo an Liên Hợp Quốc tổ chức một cuộc họp khẩn cấp. Thủ tướng Erdogan đã phát biểu với các nghị sĩ Quốc hội nước này rằng việc Israel xông lên tấn công nhóm tàu chở hàng viện trợ trên Biển Địa Trung Hải là một cuộc tấn công “vào luật quốc tế, vào lương tri của loài người và hòa bình thế giới". "Hôm nay là một bước ngoặt trong lịch sử. Mọi việc không còn như trước nữa", ông Erdogan nói, ám chỉ đến mối quan hệ đồng minh lâu đời giữa Israel và Thổ Nhĩ Kỳ.
Bộ Ngoại giao Thổ Nhĩ Kỳ cho biết 4 công dân của nước này được xác nhận đã chết trong cuộc tấn công của lính đặc công Israel và 5 nạn nhân khác cũng được cho là công dân Thổ Nhĩ Kỳ mặc dù các quan chức Israel vẫn đang cố gắng xác định quốc tịch của những người này. "Cuộc thảm sát đẫm máu của Israel vào các con tàu chở hàng nhân đạo đến Gaza xứng đáng với mọi lời chỉ trích và lên án", Thủ tướng Erdogan phát biểu đồng thời kêu gọi Israel ngay lập tức chấm dứt sự phong tỏa “vô nhân đạo” dải Gaza.