Một trong những tranh cãi nổi lên trong quan hệ hệ giữa hai bên là kế hoạch “Đối tác Phương Đông” của EU. Tổng thống Cộng hòa Czech, ông Vaclav Kalaus, nước đang giữ chức Chủ tịch luân phiên EU, cho rằng kế hoạch "Đối tác Phương Đông" chỉ nhằm mục đích tăng cường các quan hệ kinh tế và chính trị giữa 27 nước thành viên của EU với 6 nước ở Đông Âu bao gồm Armenia, Azerbaijan, Belarrus, Gruzia, Moldova và Ukraine. Ông Kalaus nói: "EU luôn xem Moscow là một đối tác chiến lược và chúng ta phải hành động để biến điều này thành hiện thực, chứ không chỉ là một tuyên bố hình thức".
Phát biểu tại cuộc họp báo chung sau hội nghị, Tổng thống Nga Dmitry Medvedev khẳng định EU vẫn chưa thuyết phục được Nga về tính hữu ích của kế hoạch "Đối tác phương Đông". Tổng thống Medvedev cảnh báo: “Nga không muốn kế hoạch Đối tác Phương Đông sẽ trở thành một đối tác chống lại nước Nga”.
Ngoài chương trình "Đối tác phương Đông", Nga và EU còn bất đồng về việc thay thế hiến chương năng lượng ra đời từ năm 1991 và vấn đề an ninh năng lượng. Nga đã hy vọng EU sẽ có phản ứng tích cực đối với đề xuất của Tổng thống Medvedev thay thế hiến chương năng lượng bằng những quy định mới về điều tiết các quan hệ hợp tác năng lượng toàn cầu.
Tổng thống Medvedev tái khẳng định sự phản đối của Nga đối với hiến chương năng lượng trong đó Nga chưa phê chuẩn. Ông Medvedev cam kết Moscow sẽ không tham gia vào bất kỳ một phần nào trong cơ cấu hiện nay của hiến chương. Tuy nhiên, các quan chức châu Âu cho biết họ sẵn sàng lắng nghe đề xuất của Nga nhưng lại cho rằng không có lý do gì để thay thế hiến chương năng lượng hiện nay. Ông Barroso cho biết: “Chúng ta không nên vứt bỏ những thỏa thuận đã tồn tại hàng chục năm nay. EU cam kết thực hiện đầy đủ hiến chương này”.